黄连是毛茛科植物黄连、三角叶黄连或云连的干燥根茎，味苦，性寒，归心、脾、胃、肝、胆、大肠经。中医认为它能清泄中焦、上焦及大肠湿热，是治疗湿热证和火毒证的常用药。
其功效可概括为清热燥湿、泻火解毒。清热燥湿方面，常用于湿热中阻引起的脘腹痞满、恶心呕吐、吞酸，以及湿热下注导致的腹泻、痢疾、黄疸等。泻火解毒方面，可用于高热神昏、心火亢盛所致心烦不寐、心悸不宁，也可用于血热吐血、衄血、目赤肿痛、牙痛、口舌生疮、痈肿疔疮等；中医所说的“消渴”也可见黄连配伍应用。外用时，可治湿疹、湿疮、耳道流脓。
现代研究提示，黄连含小檗碱等成分，具有一定抗菌、抗炎、调节血糖等作用，但使用仍需遵循中医辨证，不能仅凭单一成分自行服用。
黄连苦寒，因其易伤脾胃，脾胃虚寒者忌用，阴虚津伤者慎用，不宜长期或过量服用。具体用药应在中医师指导下进行。